Havaneseren kommer i mange farver. Havanesere er unikke fra andre racer på flere områder. En af de mest fascinerende forskelle er pelsfarven. Få  - om nogen anden race - bærer en så bred vifte af nuancer og farvemønstre i sin pels som havaneserne. Det er dem (og chihuahua) , der bærer flest mulige farver og varianter i hundeverdenen. De kommer i sort, blå, sølv, chokolade, brindle (mørkstribet eller brindle), Zobel, Rød, Guld, Abrikos, Creme og Hvid både som én hel farve og i kombination med andre farver.
Denne store farvevariation gør det meget svært at 'forudsige', hvilke farver et kuld Havaneser-hvalpe vil få; hvalpene kan alle have en forskellig farve eller farvekombination, som også kan afvige fra forældrenes pelsfarve.
Mange af farverne vil lysne over tid. 

​

Meget interessant er teorien om arvelighed eller genetik i havaneserne. 

Der er mindst ti forskellige gener, der styrer farven på havaneserne. Forskellige gener styrer forskellige dele af pelsfarven. Nogle gener laver farvepigmenterne, mens andre   gener styrer fordelingen af ​​disse pigmenter i individuelle hår og i hele kroppen.
Hunde har to mulige pigmenter i deres pels. Det mørke pigment hedder Eumelanin og det lyse pigment kaldes Phaeomelanin. Nogle gener påvirker det mørke pigment, andre det lyse, og nogle påvirker begge dele. Det, der også betyder noget, er fænotypen og genotypen. Fænotypen er, hvordan hunden ser ud. Genotypen er den usynlige genetiske kode, der er ansvarlig for det, du ser. I nogle tilfælde kan der være mere end ét kodegen, der giver det samme udseende.   

Genetik er læren om biologisk arvelighed. Generne er lavet af DNA, der er lange strenge af nucleinsyrer, som danner en kode. Denne kode læses og omsættes til proteiner, som er med til at styre de biokemiske processer. Der er to strenge i hvert DNA-molekyle, og disse strenge snor sig som spiraler om hinanden. DNA ligger foldet og arrangeret i lidt større strukturer kaldet kromosomer. På kromosomerne er der forskellige pladser, som kaldes loci.

 

Når et gen findes i mere end en version, kaldes de forskellige versioner for alleler. Et gens alleler er altid placeret i de samme loci, men da  hvert kromosom kun har en allel, har et individ altså altid maksimalt 2 alleler i et locus, en allel fra hver forælder. Det er kun den ene af disse to alleler, der gives videre til hvalpen, og ved hver hvalp er der 50% sandsynlighed for, at det er den ene eller den anden allel, som nedarves.

 

Har hunden to kopier af samme allel, så er den homozygot med hensyn til denne allel. Har hunden derimod kopier af to forskellige alleler, er den heterozygot. Alleler kan være enten recessive eller dominante. En dominant allel kommer til udtryk uanset karakteren af den anden allel i kromosomparret, dvs. en dominant allel kan dække over en recessiv. En recessiv allel kommer derimod kun til udtryk, hvis den anden allel er magen til (= homozygot for den recessive allel).

 

Inden for genetikken opererer man med begreberne genotype og fænotype. Genotype er, hvilke forskellige alleler (gener) et individ har med hensyn til en egenskab, mens fænotype refererer til individets udseende, altså hvilke alleler der kommer til udtryk.

Hunden har 78 kromosomer, dvs. 39 kromosompar – en fra hver forælder. Man mener, at der findes farvegener på ca. 10 af dem:

Locus A Agouti; fordelingen af sort og rød

Locus B Brown; sort/brun

Locus C/I Colour; pigment/intensitet (men genet er ukendt)

Locus D Dilution; fortynding

Locus E Extension; sort eller rød grundfarve

Locus G Greying; sort som bliver grå med alderen

Locus K Konstant sort; “dominant black”, der ikke kan ændres af andre gener, og brindle

Locus M Merle

Locus S Solid; mængden af hvidt

Locus T Ticking; pletter i hvide aftegninger
 

Hundes pelsfarve stammer fra pigmentkorn. Størrelsen og tætheden af disse korn  afgør pelsfarven. Pigment produceres af melanocytter, der i fostertilstanden ligger som stamceller langs rygraden. Forskellige signaler fortæller cellerne, at de skal blive til melanocytter og vandre ud  og fordele sig over hele hundens overflade samt i øjne og ører.

Melanocytter kan lave to pigmenttyper: eumelanin = sort og fæomelanin = rød. Hver celle kan danne begge typer, og der kan ske et skift imellem rødt og sort, mens håret vokser frem, det styres af det Melanocyt Stimulerende Hormon (MSH) fra hypofysen. Melanocytter har overfladereceptorer, som kan binde MSH, det giver sort pigment. Hvis der ikke bliver bundet MSH til overfladen, giver det rødt pigment.